Eradication d’H. Pylori : modification des profils de résistance du microbiote intestinal
Position du problème
L'utilisation d'antibiotiques favorise l'apparition de résistance chez les bactéries pathogènes cibles. Ces résistances sont notamment acquises par mutation ou échange de plasmides. Elles pourraient toucher également les bactéries de la flore commensale, qui constitueraient alors un réservoir favorisant la diffusion des résistances. L'éradication d'Helicobacter Pylori (HP) est un modèle intéressant pour l'étude du profil de résistance des bactéries commensales intestinales post antibiothérapie
Méthode
L'impact de l'antibiothérapie sur le profil de résistance des bactéries intestinales avant et après traitement d'éradication d' HP par amoxicilline, clarythromycine, bismuth et IPP pendant 14 jours a été étudié. 35 patients ont été inclus, leurs selles ont été analysées par séquençage génomique avant la prise de l'antibiothérapie ainsi que 2 jours et 4 à 6 semaines après la fin du traitement.
Résultat
Des changements significatifs des profils de résistance à 12 des 27 antibiotiques étudiés ont été mis en évidence notamment pour les beta-lactamines, les macrolides, les aminoglycoside et les fluoroquinolones et y compris pour des molécules ne faisant pas partie du traitement (p-value < 0.05 ). A 4 à 6 semaines de suivi, on note une décroissance des résistances à la plupart des antibiotiques avec retour au profil de résistance initial sauf pour les macrolides et les beta-lactamines.
Conclusion
Le traitement d'éradication d' HP favorise l'accumulation de gènes de résistances aux antibiotiques par les bactéries de la flore commensale ce qui augmente le risque de transmission de résistances aux bactéries pathogènes. E. Coli est la bactérie la plus touchée par ces modifications. Des études complémentaires, avec le traitement actuellement validé, devront préciser le mécanisme de formation de ces résistances et évaluer la rémanence de ces perturbations sur le microbiote intestinal.
Mathilde Calament Desclèves