Position du problème
La dysbiose intestinale est très liée à l’histoire naturelle de la cirrhose. La rifaximine (RFX) est un traitement validé de l’encéphalopathie dans la cirrhose. Antibiotique non absorbable, il modifie le microbiote intestinal (MI). L’étude négative ProPILA- RIfa avait comparé un groupe traité par RFX à un groupe placebo (PLB) en prévention primaire de l’infection du liquide d’ascite (ISLA).
Ce travail se propose d’étudier l’impact de la RFX sur le MI, d’identifier des marqueurs microbiens associés à la sévérité, la survie globale (SG) et d’étudier la relation entre MI et incidence de l’ISLA.
Méthode
ProPILA- RIfa était une étude prospective randomisée tri-centrique comparant deux bras de traitement de 12 mois RFX versus PLB. Dans cette étude ancillaire, 42 patients avec cirrhose sévère ont été inclus 21 dans le groupe RFX et 21 dans le groupe PLB. Le recueil de selles à J1, M3, M6, M12, M18 a été utilisé pour une extraction de l’ADN microbien avec un séquençage 16s (Illumina). Le microbiote longitudinal a été analysé via un pipeline bio-informatique et des modèles mixtes. Les biomarqueurs associés au CHILD ont permis de stratifier les patients et d’étudier la SG et l’incidence de l’ISLA
Résultat
La prise de RFX diminue significativement la richesse et la diversité du MI au cours du suivi (P<0.001). Une diminution des proportions d'espèces telles qu'E.Coli et Veillonella parvula et un enrichissement en Blautia obeum sont observés, sans être associée à la survie globale à 12 mois. Dans le modèle mixte, des taxons du Phyllum Firmicutes (Strepto spp/veilonella spp.) sont associées à la gravité de la cirrhose.
La stratification des modèles de COX sur l’espèce permet de déterminer qu’un MI enrichi en E. coli ou V. parvula est associé à un risque accru d’ISLA. Les analyses de survie stratifiées montre qu’un MI enrichi en B. obeum ou Intestinomas timonensis est associé à une meilleure SG.
Conclusion
La rifaximine, dans cette population de cirrhotiques sévères, réduit l’abondance du MI commensal et associé à la cirrhose, sans impact sur la survie à 12 mois ou sur l’ISLA. Une abondance relative intestinale élevée d’E. coli est associée à un risque accru d’ISLA, tandis que celle d’B. obeum et I. timonensis sont associées à une meilleure SG. Ces données confirment que la composition du MI est un facteur pronostic dans la cirrhose grave. La place de futures biothérapies vivantes, telles que la transplantation fécale, dans la prévention et le traitement de la cirrhose sévère reste à préciser.
