Position du problème
Le microbiote intestinal est impliqué dans la carcinogenèse colorectale. Cependant, la plupart des études reposent sur des prélèvements fécaux, qui reflètent mal le microenvironnement muqueux au site de la néoplasie. Cette étude visait à déterminer si les altérations du microbiote sont localisées aux lésions ou s’étendent à l’ensemble de la muqueuse iléocolique.
Méthode
Quinze témoins sains et 45 patients présentant des lésions colorectales (adénomes précoces : n=17 ; adénomes avancés : n=17 ; carcinomes : n=11) ont été inclus. Des biopsies muqueuses ont été réalisées pour chaque patient dans l’iléon terminal, le côlon proximal, le côlon distal et au niveau des lésions, conjointement à des prélèvements fécaux. Le microbiote a été caractérisé par séquençage des régions V3–V4 du gène codant l’ARN ribosomique 16S, avec identification des variants de séquence d’amplicons par DADA2.
Résultat
Le site intestinal constituait le principal facteur de variation du microbiote, avec une diversité significativement plus faible dans l’iléon que dans les autres sites.
Aucune différence significative de diversité alpha n’a été observée entre les groupes diagnostiques.
Toutefois, l’analyse de la diversité bêta et de l’abondance différentielle a révélé un enrichissement en Fusobacterium et en Parvimonas au niveau des polypes par rapport à l’iléon.
Un modèle d’interaction a mis en évidence un enrichissement significatif en Fusobacterium, spécifiquement au niveau des polypes carcinomateux
Conclusion
Les modifications du microbiote semblent localisées aux sites tumoraux plutôt que diffuses dans le côlon, avec un enrichissement en Fusobacterium et Parvimonas, particulièrement marqué pour Fusobacterium dans les carcinomes. Ces résultats soulignent les limites de l’analyse du microbiote fécal et l’intérêt d’un échantillonnage muqueux directement au niveau des lésions.
Résultats intéressants mais exploratoires, compte tenu du faible effectif, notamment des cancers (n = 11), et ne permettant pas d’établir de lien causal.
