Pourra t-on à l’avenir prévenir la déclaration d’une MICI chez des patients ayant des gènes de susceptibilité si l’action de ces gènes est médié par une modification du microbiote?
Position du problème
Il existe une prédisposition génétique aux maladies inflammatoires du tube digestif. Un autre facteur lié à ces maladies est le microbiote intestinal, mais est-il en fait un facteur lié au facteur génétique? L'objectif de ce travail est d'explorer les intéractions entre 5 gènes majeurs de susceptibilité aux MICI et le microbiote intestinal.
Méthode
Le microbiote fécal a été étudié par séquençage chez 182 patients atteints de MICI et dont les phénotypes des 5 gènes majeurs de susceptibilité était connus. A partir de ces données, des tests d'association ont été réalisés. (méthode de régression linéaire classique et méthode Musical Chair).
Résultat
4 associations significatives négatives dont trois impliquant NOD2 (Bacteroides, Roseburia, F. Prausnitzii) et une CARD9 (Firmicutes) ont été mise en évidence. Après utilisation de méthodes de modélisation et de simulation pour étudier les différentes intéractions entre les différents éléments (gène, microbiote et la maladie), seule l'effet d'un gène de suscpetibilité induisant une diminution du microbitote conduisant à la déclaration de la maladie semble réaliste.
Conclusion
Certains variants génétiques favorisent la déclaration d'une MICI au moins partiellement par leur effet sur le microbiote. Pour exemple, l'association négative entre NOD2 et l'abondance de F. Prausnitzii est mise en évidence de façon significative dans ce travail. Ces résultats peuvent faire penser à de nouvelles pistes de thérapeutiques préventives lors de la présence de variants génétiques pour limiter la diminution d'abondance de certains agents du microbiote.
Mélanie Rémondière, Montpellier