NGS en vie réelle dans le cancer colorectal

Position du problème

Le NGS se développe depuis ces dernières années. Cependant la modification des modalités de remboursement du NGS a fortement déstabilisé sa réalisation et son homogénéité sur le territoire national, avec comme conséquence, un retour massif de tests ciblés.

Méthode

Sur une période de 2 ans, 496 analyses panel NGS ont été réalisées par 3 plateformes INCA, sur des échantillons FFPE provenant de CCR de stade III et surtout IV. Le séquençage comportait les gènes KRAS, NRAS, BRAF et 10 autres gènes (AKT1, ALK, CTNNB1, EGFR, ERBB2, KIT, MAP2K1, MET, PDGFRA, PIK3CA) ; certains gènes n’ont été séquencés que sur une ou 2 plateformes (POLE, IDH1/2, FGFR1, FGFR2, FGFR3 ERBB4).

Résultat

Le NGS a permis de détecter une mutation des gènes KRAS, NRAS ou BRAF dans 65% des tumeurs analysés, les techniques ciblées n’auraient détectés que 61.5% car certaines mutations étaient en dehors des hotspots recherchés. 46.2% des tumeurs présentaient une seule mutation hotspot les gènes KRAS/ NRAS/BRAF et 27.4% ne présentaient aucune mutation actionnable (panNégatif NGS). Le NGS apportait donc un avantage par rapport aux techniques ciblées dans 26.4 % des tumeurs analysées. 19.5% des tumeurs présentaient un profil complexe soit au moins 2 mutations (dont 86% co-mutés hotspots KRAS/NRAS/BRAF).

Conclusion

Bien que, les mutations hotspots restent majoritaires, l’analyse par NGS révèle des mutations rares ainsi que des profils co-mutés ou multimutés complexes mais permet également de discriminer les vrai pan-négatif susceptibles de répondre le plus durablement aux thérapies ciblées EGFR. L’analyse NGS devrait être favorisée dès le diagnostic et, à minima, à la progression de la maladie des CCR métastatiques pour lesquels il y a un vrai impact sur la prise en charge.

Bernadette de RAUGLAUDRE, Marseille