Le microbiote permet-il de prédire la récidive post-opératoire ?
Position du problème
Une chirurgie est nécessaire pour 50-70 % des patients atteints d'une maladie de Crohn. Lors de l'évaluation endoscopique à 6 mois, une récidive endoscopique est fréquemment observée au niveau de l'anastomose ou de l'iléon néoterminal. L'identification des facteurs de récidive post-opératoire est un enjeu majeur afin de pouvoir traiter le plus précocement possible les patients les plus à risque. L’objectif de cette étude était d’explorer la « dynamique » du microbiote après résection iléocaecale et de chercher à identifier un profil du microbiote prédictif d’une récidive post-opératoire.
Méthode
Cette étude est issue de la cohorte POP-REMIND, une cohorte prospective multicentrique nationale de patients ayant eu une résection iléocaecale pour une maladie de Crohn. Les prélèvements étaient issus de la chirurgie à M0 et de l'endoscopie à M6. La composition du microbiote a pu être analysée pour 139 patients au moment de la chirurgie et pour 125 patients lors de la coloscopie en utilisant un séquençage de gène 16S pour identifier les composants bactériens et ITS2 pour les fongiques. Les patients ayant reçu une antibiothérapie en post-opératoire ont été exclus.
Résultat
Les microbiotes variaient entre la période inflammatoire de la chirurgie et le post-opératoire. Les souches qui devenaient plus abondantes était différentes en fonction statut binaire de récidive ou de rémission mais aussi pour chaque niveau du score de Rutgeerts selon un continuum. Le modèle de prédiction construit à partir des données du séquençage 16S à M0 ne permettait pas de prédire la récidive post-opératoire selon un critère binaire (AUC environ 0,5), et ce malgré l’ajout de données cliniques et des données fongiques (ITS2). En revanche, il améliorait discrètement la prédiction du score de Rutgeerts (AUC : 0,658), les données cliniques et fongiques n'amélioraient pas ce modèle.
Conclusion
Il existe de multiples facteurs de variabilité du microbiote, au premier rang duquel le temps depuis la chirurgie et le degré d'inflammation local. Le séquençage du microbiote au moment de la chirurgie ne permet pas de prédire la récidive post-opératoire de la maladie de Crohn, mais améliore la prédiction du score de Rutgeerts.
Anaïs BERTRAND, Paris