Objectifs pédagogiques
- Savoir pourquoi l’endoscopie est un acte à risque infectieux.
- Connaitre les conséquences des crises sanitaires antérieures sur la pratique de l’endoscopie
- Connaitre l’impact de la COVID 19 sur la pratique endoscopique
LIEN D’INTÉRÊTS
L’auteur déclare n’avoir aucun conflit d’intérêt en rapport avec cette présentation
MOTS-CLÉS
Désinfection, antibioprophylaxie, gestion du risque
Malgré le nombre d’endoscopies réalisées en France et dans le monde, la transmission d’un micro-organisme bactérien ou viral à un patient ou au personnel est un évènement rare, mais probablement sous-estimé, notamment en raison d’une prise de conscience retardée des risques. L’évolution constante des connaissances notamment à la lumière des épisodes de pandémie impose, parfois de manière disruptive, une nécessaire remise en question.
Cette synthèse a pour objectif d’améliorer la compréhension des modalités de transmission d’un agent infectieux aux patients comme aux personnels soignants et d’insister sur le nécessaire renforcement de la politique de gestions des risques en endoscopie.
L’endoscopie digestive est une technique qui utilise pour l’exploration du tube digestif un tube muni d’un dispositif d’éclairage, d’une caméra et de plusieurs canaux servant notamment à la réalisation de lavages, de prélèvements ou de gestes thérapeutiques.
Ce sont des dispositifs médicaux complexes, coûteux, fragiles, le plus souvent non stérilisables et nécessitant des processus de décontaminations répétés.
La contamination des endoscopes est une réalité. De 10 à 30 % des endoscopes restent contaminés par des micro-organismes hospitaliers après désinfection (20 % des coloscopes).
Cependant les infections secondaires sont exceptionnelles avec en moyenne moins de deux cas par million d’actes (1).
Ce risque dépend de plusieurs facteurs. Certains relèvent des caractéristiques du patient. D’autres sont liés au geste et à ses conséquences (drainage biliaire incomplet, sclérose de varices, perforation, hémorragie, etc.). D’autres encore dépendent de l’environnement, du parcours de soins prévus pour le patient et du personnel soignant. Enfin, le risque infectieux est également tributaire du type de matériel utilisé (type d’endoscope, de colonnes d’endoscopie et les dispositifs médicaux annexes).
Certains patients présentent des antécédents pouvant augmenter le risque infectieux au cours d’interventions chirurgicales, de radiologie ou de médecine interventionnelle. C’est notamment le cas des patients présentant une atteinte du système immunitaire (immunodépression constitutionnelle, acquise ou induite), présentant un diabète déséquilibré ou un trouble nutritionnel (2). C’est également le cas des patients porteurs de certaines cardiopathies (patient avec valve ou matériel prothétique, ayant un antécédent d’endocardite infectieuse ou de cardiopathie congénitale). De même, certains sujets peuvent être potentiellement colonisés par une flore bactérienne nosocomiale, le plus souvent par des entérobactéries multi- résistantes ou de Staphylococcus aureus méticilline-résistant. Ce risque concerne les sujets hospitalisés dans les trois mois précédents dans des unités à haut risque d’acquisition de ce type de flore : unités de réanimation, centres de long séjour ou de rééducation (3).
L’infection peut être secondaire à des germes présents chez le patient par transmission hématogène (bactériémies) au décours d’un geste invasif par voie endoscopique (dilatation œsophagienne, cathétérismes des voies biliaires, dissection ou mucosectomie, sclérothérapie, pose de gastrostomie). Lors d’examens à visée diagnostique, de faibles taux de bactériémie sont observés comme l’endoscopie haute (4,1 %) et la coloscopie (4,4 %).
En revanche, on observe des taux de bactériémie plus élevés après la sclérose de varices œsophagiennes (14,6 %) (4). En conséquence, certaines procédures font l’objet de l’administration d’une antibioprophylaxie. Les recommandations américaines de 2015 préconisent ainsi son usage pour la suspicion de drainage biliaire incomplet, les hémorragies digestives hautes chez les patients cirrhotiques et le suggèrent pour les ponctions de kystes sous échoendoscopie (5).
L’infection peut également être consécutive à des germes provenants de l’endoscope (Tableau 1). Dans ce cas, la transmission peut être interhumaine, l’endoscope servant de vecteur aux microorganismes d’un patient à l’autre.
Les microorganismes les plus fréquemment décrits font partie de la flore commensale, parfois pathogène, mais peuvent également provenir de l’environnement ; ils sont viraux (hépatites B et C), mycosiques, parasitaires et, surtout, bactériens (entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa, mycobactéries, Clostridium, Helicobacter, etc.), avec une place particulière depuis les années 2000 pour les entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC). Le risque de transmission des agents transmissibles non conventionnels (ATNC) par l’endoscopie reste théorique, puisque aucun cas n’a été décrit à ce jour. Cependant ce risque ne peut être écarté pour la forme variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob, pour laquelle les formations lymphoïdes concernées par l’endoscopie sont considérées comme des tissus à haute infectiosité.
| Microorganismes provenant des patients | Microorganismes provenant de l’environnement |
|---|---|
| Flore normale et autres colonisants Escherichia coli Klebsiella spp. Serratia spp. | Solution d’irrigation Pseudomonas spp. Mycobactéries atypiques |
| Infections ou portage Salmonella spp. Helicobacter pylori Mycobacterium tuberculosis BHRe Clostridium difficile etc. | Germes pouvant contaminer les LDE Pseudomonas spp Stenotrophomonas maltophilia Enterobacter spp Citrobacter spp etc. |
| Virus VHB, VHC, VIH, Influenza, COVID-19 | Virus Influenza, COVID-19 |
Tableau 1 : Origine des microorganismes
Ce risque, très peu décrit et n’ayant par ailleurs fait l’objet d’aucune recommandation est bien réel. Il tient essentiellement à la transmission d’agent pathogène par voie aérienne, le plus souvent de type viral, et favorisé par la réalisation d’examens dans des environnements clos. Ce risque infectieux est à considérer dans les deux sens, c’est à dire qu’il existe pour les patients comme pour le personnel soignant.
Mis récemment en lumière par l’épidémie de COVID-19, il n’est cependant pas nouveau. Les épidémies grippales saisonnières et en particulier la dernière pandémie de virus grippal H1N1 de 2009 ont fait l’objet de travaux soulignant le risque des procédures à risque d’aérosolisation (6). À cette occasion, l’Organisation Mondiale de la Santé a réactualisé ses recommandations de prévention du risque infectieux dans les unités de soins. Pourtant, l’endoscopie digestive ne figurait pas dans les procédures à risque (7).
Ce risque nécessite probablement d’être réévalué et devra l’objet de recommandations. Celles-ci devront s’attacher à le prévenir par la définition de mesures de protections adaptées à l’activité et plus précisément à l’aérolisation inhérente aux endoscopies par voie haute, mais également en définissant à chaque étape du parcours de soin (accueil, salles d’attente, salles d’endoscopie, réveils, salles de repos ou de collation), les normes environnementales de renouvellement de l’air adaptées.
Il existe de très nombreux fabricants d’endoscopes ainsi que de nombreux types d’appareils. La surface de leurs canaux intégrés comprend des anfractuosités, irrégularités et recoins à l’intérieur et aux extrémités des canaux où peuvent s’accumuler divers débris organiques provenant des patients (sang et tissu).
Ces débris forment un biofilm de surface, siège d’une prolifération microbienne. Ces appareils utilisent une architecture interne complexe, avec des matériaux constitutifs variables d’un fabricant à l’autre, pouvant parfois s’avérer inadaptés.
Ainsi en 2018, plusieurs cas de bactériémies sont survenus après l’usage de duodénoscopes dont l’extrémité distale fixe était raccordée au canal du câble érecteur non irrigable pouvant héberger et favoriser la propagation de micro-organismes. Une circulaire DGOS en date du 2 août 2018 a ainsi spécifié de nouvelles modalités du traitement et de prélèvement des endoscopies souples à canaux érecteurs (duodénoscopes, échoendoscopes linéaires) (8).
Par ailleurs le fonctionnement de ces endoscopes dépend de contraintes de raccordement qui peuvent différer de celles liées à leur traitement. Enfin, la maintenance des appareils, la formation des utilisateurs à leur usage et à leur désinfection sont des facteurs à prendre en compte dans la reproductibilité et la qualité des processus de désinfection.
Les dispositifs médicaux répondent également à un impératif de contrôle du risque infectieux. On les regroupe ainsi dans plusieurs catégories en fonction du niveau de traitement qu’entraîne leur utilisation (9) :
La maîtrise du risque infectieux nécessite de répondre à différents objectifs :
La stérilisation n’est compatible qu’avec les dispositifs autoclavables. Dans tous les autres cas, le contrôle du risque infectieux passe par différentes étapes de désinfection (10). Le niveau de traitement requis pour les endoscopes répond à une procédure prenant en compte le risque lié aux ATNC (Tableau 2).
La traçabilité de chacune des étapes de la prise en charge d’un patient pour un examen endoscopique est essentielle dans la maîtrise du risque infectieux. Elle doit concerner l’identité du patient, les endoscopes utilisés, les actes réalisés, les procédures de désinfection appliquées, la stérilisation des dispositifs médicaux, la gestion du risque lié à l’environnement, les procédures de contrôle et d’évaluation et la non conformité. La réalisation de revue de morbi-mortalité (RMM) se nourrit de cette traçabilité et permet de mieux appréhender son incontestable utilité dans l’amélioration constante de la qualité et de la sécurité des soins.

Tableau 2 : Actions requises en fonction du niveau de risque de l’acte et du risque patient d’encéphalopathie spongiforme transmissible (EST)
La mise en place des normes de traitement liées à l’endoscopie ne s’est pas faite du jour au lendemain. C’est la succession d’alertes et de crises sanitaires, comme par exemple les alertes récentes émises sur les endoscopes à canaux érecteurs, qui auront conduit à s’interroger sur les risques infectieux liés à la pratique de l’endoscopie menant, parfois de manière disruptive, à des actions d’amélioration. La maîtrise du risque infectieux en endoscopie s’est ainsi progressivement structurée pour répondre aux problèmes posés par les trois grandes classes d’agents infectieux : les bactéries, les virus et les agents transmissibles non conventionnels (ATNC).
Même si certains cas de transmission peuvent être méconnus chez des patients présentant des infections infra-cliniques ou attribuées à tort à d’autres facteurs (diagnostic lié à l’intervention, intubation, etc.), par le passé le risque infectieux bactérien en endoscopie a plus facilement été mis en évidence, notamment au regard des courtes périodes d’incubation.
Ainsi, un total de 84 cas d’infection par transmission de Salmonelles au cours d’une endoscopie était mis en évidence entre 1974 et 1987 (11). Aucun autre cas n’a été rapporté depuis l’avènement des procédures standardisées de traitement des endoscopes. Cependant, de rares cas d’infection par Pseudomonas sont survenues, comme en 2011 où 4 cas d’infections par des souches multi-résistantes lors d’une gastroscopie ont été révélés.
Plusieurs causes potentielles de transmission ont été signalées, comme un lavage initial et un écouvillonnage insuffisants, ou un mauvais séchage des endoscopes avant stockage (12).
Les milieux humides restent des environnements favorisant la transmission. Ainsi l’usage d’eau non stérile pour le flacon d’irrigation attaché à l’endoscope a pu être décrit comme source d’infection (13). D’autres cas de transmission d’Helicobacter pylori ont été décrits, attribués à de mauvais processus de nettoyage ou à l’usage de pinces à biopsies mal stérilisées (14).
Depuis la standardisation des procédures de désinfection, aucun cas de transmission de mycobactéries ou de Clostridium difficile au cours d’une endoscopie n’ont été rapportés (15).
Ce risque, plus difficile à relier au geste endoscopique en raison de durées d’incubation plus longues et souvent plus silencieuses a clairement été pris en compte à partir du milieu des années 80. C’est la survenue de la pandémie de VIH qui a indéniablement entraîné une prise de conscience sur la nécessaire évaluation du risque de transmission virale au cours de l’endoscopie.
Ainsi, de 1988 à 1992, la Société Américaine d’Endoscopie Digestive (ASGE) a relevé 28 cas d’infections virales présumées liées à l’endoscopie digestive (16), cas qui étaient pour la plupart secondaires à des défauts de procédure de désinfection (lavage manuel inadéquat, contamination des flacons de lavage, machine automatique non validée, produit désinfectant inadapté, séchage imparfait des canaux opérateurs). Cependant durant cette période, aucun cas d’infection virale et notamment due au VHB ou au VIH n’avait été rapporté. Le seul cas bien documenté d’infection au VHB datait de 1983. Cette contamination s’était faite par le canal air-eau qui n’avait pas été irrigué par une solution de glutaraldéhyde, solution depuis abandonnée.
Les cas de transmission du virus de l’hépatite C (VHC) sont moins rares. Le lien épidémiologique associant l’acquisition du VHC et l’endoscopie est connu. Dans les années 90, plusieurs études ont montré la transmission du virus de l’hépatite C par des endoscopies, notamment par des pinces à biopsie non stérilisées, contribuant ainsi progressivement à l’utilisation de pinces à usage unique (17).
Entre 1988 et 1990, la plupart des sociétés d’endoscopie digestive du monde, ont publié des recommandations concernant le lavage et la désinfection des endoscopes aboutissant à une conférence de consensus organisée lors du congrès mondial de gastroentérologie de Sydney en 1990 (18).
Aucun cas de transmission d’infection fongique ou parasitaire n’était décrit jusqu’à présent.
Maladie due à des prions, la maladie de Creutzfeldt-Jakob est une affection neurodégénérative principalement caractérisée par une démence et des troubles de l’équilibre. Son évolution est rapidement et systématiquement fatale.
Au printemps 1985, trois cas suspects chez des patients ayant reçu de l’hormone de croissance extractive d’origine humaine sont signalés aux États- Unis, qui la retirent alors immédiatement du marché. La France, qui estima à tort tout risque écarté, grâce à un nouveau procédé de purification à l’urée, finira, trois ans plus tard et non sans un nouveau scandale, par ne plus utiliser que de l’hormone de croissance synthétique.
Seule une variante de la maladie de Creutzfeld-Jacob (v-MCJ), maladie à prions d’origine alimentaire qui a émergé en Grande-Bretagne en 1996 concerne l’endoscopie en raison de sa présence dans les formations lymphoïdes. Cependant le risque de transmission de la v-MCJ par l’endoscopie est considéré comme extrêmement faible et non documenté.
Au total et selon les données de Santé Publique France (19), 28 cas de vMCJ ont été diagnostiqués en France entre 1992 et 2019. Le dernier cas connu de vMCJ est décédé en 2019.
La circulaire 138 du 14/03/2001 (dite prion) actualisée par l’instruction N°449 du 01/12/2011 (20) a fixé les règles d’évaluation du risque patient et proposé un classement d’infectiosité du tissu humain reprenant les données de 2010 de l’Organisation Mondiale de la Santé. Les actes d’endoscopie sont depuis considérés à risque vis à vis du v-MCJ, qu’il y ait contact ou biopsie. La prévention du risque repose sur 5 étapes :
L’acide peracétique, seul produit de désinfection cité dans la circulaire, n’entre pas dans les produits assurant une inactivation totale vis à vis des ATNC. En cas d’examen chez un sujet dont l’infection est avérée, seule l’incinération à une température à 800°C est susceptible de garantir la suppression complète de l’infectiosité.
La particularité de la crise liée à la COVID-19 tient à deux facteurs principaux :
Il fallait cependant indéniablement répondre à ces questions, sachant que ne pas le faire risquait de mettre en péril la sécurité et la qualité des soins et au final la santé d’un nombre encore plus conséquent de patients répondant à d’autres pathologies.
Néanmoins, il faudra pouvoir améliorer la gestion territoriale des plans blancs, trop souvent uniformément déployés et ce dans des régions parfois peu ou pas impactées par l’épidémie. La limitation d’activité dans ces régions épargnées par la première vague, faisait prendre le risque d’accumuler des retards de prise en charge lié à la survenue d’une deuxième vague plus marquée.
Mais c’est entre autres l’absence de moyens de dépistage opérationnels et par conséquent d’indicateurs territoriaux pertinents qui ont conduit les autorités sanitaires lors de la première vague à prendre des mesures drastiques de confinement et de limitation généralisée des soins.
| Endoscopie urgente | Endoscopie semi-urgente (discussion au cas par cas) | Endoscopie dont le report peut être envisagé |
|---|---|---|
|
|
|
Tableau 3 : Classification des procédures endoscopiques courantes selon le degré d’urgences en période de pandémie COVID-19
Les recommandations de la SFED pour l’organisation et le fonctionnement d’un plateau technique d’endoscopie de 2013 abordaient en ce qui concerne le risque infectieux essentiellement les questions de circuit et de traitement des endoscopes (23). Les questions de la protection des personnels et du traitement de l’air n’avaient pas fait l’objet de recommandations spécifiques. L’ASGE dans ses recommandations de 2018 proposait pour sa part le recours à des moyens de protection systématiques (blouses, gants, masques et lunettes) mais essentiellement dans le but de prévenir des accidents d’exposition au sang (24).
De fait, peu de publications s’étaient jusqu’alors intéressées au risque de transmission d’agents infectieux par voie aérienne lors de l’endoscopie. En 2019, une étude prospective étudiant l’usage d’un masque de protection lors de 1 100 coloscopies montrait qu’il diminuait significativement l’exposition aux bactéries. Les auteurs en recommandaient l’usage systématique (25).
Quelques mois plus tard, la COVID-19 a brutalement changé l’intérêt général porté à ce risque. Rapidement plusieurs études ont suggéré le risque lié aux gouttelettes et à l’aérosolisation, conduisant la plupart des sociétés savantes, dont la SFED, à recommander des mesures de protection renforcées (26, 27).
D’autres ont montré qu’il était possible de diminuer le risque d’exposition aux gouttelettes, en augmentant à un mètre la distance verticale entre le patient et l’endoscopiste (28), ou en usant d’autres moyens de protection (plexiglass, caissons isolant la tête du patient). Enfin, certains ont suggéré, toujours au regard du risque d’aérolisation de modifier le pré-traitement des endoscopes notamment en appliquant d’une part un agent virucide sur la poignée et la gaine de l’endoscope en utilisant une gaze imbibée d’alcool à 70 % et d’autre part en utilisant systématiquement une solution détergente enzymatique afin d’éliminer les débris et empêcher la formation de biofilm dans le canal de l’endoscope (29).
Le risque potentiel lié au renouvellement et au traitement de l’air dans les salles d’endoscopie a également été soulevé.
Ainsi le Haut Conseil de la Santé Publique a rendu un avis en date du 17 mars 2020 relatif à la réduction du risque de transmission du SARS-CoV-2 par la ventilation et à la gestion des effluents des patients COVID-19 (30). L’activité d’endoscopie relevait dans cet avis des classes de risque 2 (ISO 8) et 3 (ISO 7). Suivant cet avis, la SFED a fait des recommandations pour adapter le temps de renouvellement de l’air nécessaire défini par la classe de risque, en fonction des volumes, de la norme ISO recherchée et de la capacité des équipements (31).
Enfin d’autres questions environnementales ont été soulevées, incluant la sécurité et la protection des colonnes d’endoscopie dont la prise d’air se fait directement dans l’environnement, sans filtre de type HEPA, y compris pour l’utilisation du lavage à partir du piston de l’endoscope ce qui peut poser question si le risque de transmission aérienne du virus est avéré (32).
Au final et pour l’heure, aucune publication ne suggère que l’activité d’endoscopie augmente le risque de transmission aérien et par gouttelette contenant du virus. Il existe une incertitude non avérée, qui par définition n’est pas un risque avéré. Le degré de confiance que l’on a dans une narration n’est pas un indicateur de sa véracité. C’est d’ailleurs un biais cognitif assez fréquent en santé. La mise en place de moyens de protection et de screening des patients et des soignants était justifiée par leur effet de contrôle avéré des risques. En revanche il faudra encore du temps et d’autres études avant de confirmer et d’imposer un renouvellement de l’air adapté ou une modification de l’architecture de nos colonnes d’endoscopie prenant en compte la transmission aérienne des agents pathogènes en endoscopie.
L’impact des crises sanitaires antérieures aura essentiellement été de sensibiliser les professionnels de l’endoscopie au risque infectieux lié à la contamination des endoscopes (relevant du processus de traitement) et au risque lié aux procédures au regard du terrain (relevant de l’antibioprophylaxie).
Il aura fallu la COVID-19 pour que nous prenions conscience du risque infectieux environnemental et plus particulièrement de la transmission d’un agent pathogène par voie aérienne ainsi que du caractère aérosolisant des gestes endoscopiques par voie haute. Gageons que cette crise aura permis que l’intérêt de la vaccination grippale annuelle des personnels d’endoscopie ne soit à l’avenir plus contesté.
Le principe de précaution peut parfois conduire à tort à prendre des mesures a priori pour prévenir un risque incertain, mais potentiellement grave.
La prise en compte de ce dernier ne devient acceptable que quand il est avéré, mesurable et reproductible.
Ainsi dans le cadre d’une politique de gestion des risques notamment infectieux et environnemental il reviendra à la SFED avec le recul nécessaire, de bien évaluer ces risques pour adapter le cas échéant à la fois le traitement de l’air dans nos unités d’endoscopie et les mesures de protection de notre personnel mais également de nos unités d’endoscopie, notamment en période épidémique.
En conséquence la gestion des unités d’endoscopie et les compétences spécifiques du personnel y travaillant doivent faire l’objet d’une attentionparticulière et d’une reconnaissance de nos instances.
Toute reproduction ou réécriture, totale ou partielle, sans l’accord préalable écrit de la FMC HGE est interdite.
FMC HGE : Organisme certifié Qualiopi pour la catégorie ACTIONS DE FORMATION.